در نشستی که با ایشان در اواسط دی‌ماه ۱۳۹۶، همراه با آقایان دکتر مصطفی تقوی و دکتر ابراهیم اصولی، در اتاقم در گروه فلسفه علم دانشگاه صنعتی شریف داشتم، بحث‌هایی درباره بعضی از ابعاد فلسفی فیزیک و مباحث فلسفی فیزیک مطرح در گروه فلسفه علم دانشگاه صنعتی شریف و بعضی مسائل مطرح در سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع صورت گرفت.
ایشان برخی مباحث فلسفه فیزیک را از دیدگاه متفکران غربی و اسلامی مطرح کردند. از جمله به وجوه اشتراک و افتراق ماده فلسفی و ماده فیزیکی پرداختند و ایده انرژی، به‌عنوان زیربنای ماده و انرژی مرسوم، را مطرح کردند.
شهید دکتر فخری‌زاده معتقد بودند که فیزیک معاصر در حد مرزی علم حرکت می‌کند و معتقد بودند که مسئله موج - ذره حل نشده است (همان‌طور که دیراک می‌گفت)، و نظرشان این بود که ذرات می‌توانند از طریق امواج تبادل اطلاعات کنند.
شهید دکتر فخری‌زاده در کنار ورود به حوزه‌های فیزیک و مهندسی هسته‌ای و فناوری‌های دفاعی، در عرصه اجرایی هم کارآمدی بسیار بالایی داشتند و از دانش و ژرف‌اندیشی فلسفی برخوردار بودند. همچنین به حکمت متعالیه، هم از ابعاد عقلانی و هم از ابعاد عرفانی آن، علاقه وافر داشتند.
استاد فخری‌زاده بر تعامل فلسفه اسلامی و علوم روز تأکید داشتند و حیات متعالی را در این می‌دانستند که این تعامل منجر به رشد هر دو شود، اما معتقد بودند که فلسفه اسلامی در دوران حاضر چنین تعاملی را ندارد و کمتر به نقد تفسیرهای فلسفی ناشی از علوم، بر اساس مبانی فلسفه اسلامی، پرداخته است. فلسفه اکنون همان است که ملاصدرای شیرازی می‌فرمود، شاید بعضی از مثال‌های آن تغییر یافته باشد، اما در مغرب زمین این تعامل دائماً رو به رشد است.
ایشان معتقد بودند که باید به داشته‌های فلسفی خودمان برگردیم و از حکمت اسلامی خودمان در راستای توسعه علم و فناوری و نوآوری برای ایجاد یک سبک زندگی اسلامی و یک تمدن ایرانی- اسلامی نوین برآئیم.
در آن جلسه تفاهم‌نامه‌ای با ایشان امضا شد، که شامل همکاری ما با سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع در امر مشارکت در توسعه علم و فناوری بر اساس جهان‌بینی توحیدی؛ همکاری در حل بعضی مسائل مطرح شده از طرف آن سازمان؛ همکاری در برگزاری همایش‌های داخلی و بین‌المللی و میزگردها و همکاری در طراحی و اجرای بعضی طرح‌های پژوهشی و دوره‌های آموزشی بود.
چند ماه پس از امضای این تفاهم‌نامه، با بازنشسته شدن من توسط آقای دکتر فتوحی رئیس دانشگاه، اجرای این طرح منتفی شد.
شهید بزرگوار دکتر فخری‌زاده(رحمهًْ‌الله‌علیه) چند خصوصیت داشتند که در میان عالمان امروزی کمیاب است. اولاً فوق‌العاده متواضع بودند. ثانیاً از اقتضائات زمان حال آگاهی داشتند و نسبت به رفع نیازهای کشور بسیار حساس بودند. ثالثاً روی استفاده از فلسفۀ اسلامی در علوم و تعامل این دو حوزه تأکید داشتند. مهم‌ترین درسی که نسل امروزی می‌توانند از آن شهید جلیل‌القدر فرا بگیرند توجه به این خصیات تأثیرگذار است.
شهادت این جهادگر عرصه علم و فناوری برای جامعه اسلامی ما ضایعه‌ای جبران‌ناپذیر می‌باشد. خداوند متعال روح این عالم بزرگوار را غریق رحمت فرماید.