به گزارش یزدرسا به نقل از"ره به ری" : سید محمد خاتمی از همان روزهای آغازین اختلافات، در طیف یار معنوی خود (خوئینی ها) جای گرفت و چون در آن دوره، به وزارت ارشاد رسیده بود، اولین قدمش را با تصفیه نیروهای جناح مقابل از بدنه وزارت و سپردن فرهنگ و ارشاد اسلامی به نیروهای چپی آغاز کرد. این رفتار به قدری عریان است که هاشمی رفسنجانی نیز در بخشی از خاطرات خود به این موضوع اشاره می کند: «آقای مقصودی مسئول ستاد برگزاری نماز جمعه و عضو شورای سرپرستی حج آمد، از عملکرد آقای موسوی خوئینی ها و آقای سید محمد خاتمی در امر حج شکایت داشت. مدعی انحصارطلبی و طرد نیروهای غیر هم خط خود بود. برای استعفا مشورت کرد؛ مخالفت کردم».(1)
خاتمی پس از عهده دار شدن مسئولیت وزارت ارشاد، درباره نمایندگی امام(ره) در کیهان نیز تصمیم به ادامه فعالیت گرفت اما با این تفاوت که مسئولیت های اجرایی روزنامه را به شهید «سید حسن شاهچراغی» نماینده وقت دامغان در مجلس شورای اسلامی واگذار و خود بر امر سیاست¬گذاری و چینش نیروها نظارت کرد.
هشتم آذرماه 1361 جلسه معارفه خاتمی در وزارت ارشاد برگزار شد و او در سخنانی دیدگاه های خود را درباره وظایف وزارت ارشاد تشریح کرد. خاتمی در این جلسه نقش، هدف و مقصد وزارت ارشاد را تعالی بخشیدن به شخصیت انسانی و رساندن بشر به کمال دانست و در عین حال تصریح کرد که «مهم¬ترین عامل مسخ کننده فرهنگی غرب زدگی است که در بعدهای سیاسی، اجتماعی، فرهنگی و... متظاهر می شود». (2)
خط فکری نیروهایی که خاتمی در وزارت ارشاد به خدمت گرفت اما با آنچه او به زبان می آورد کاملا متفاوت بود. کسانی که با امضای خاتمی در پست های معاونت و مدیریت های میانی ارشاد گنجانده شدند، روشنفکرانی بودند که دل در گرو تمدن غرب داشتند، اعتقادی به «گفته ها»ی خاتمی در مراسم معارفه نداشتند و شاید همراهی شان با او بیشتر به دلیل آگاهی از «ناگفته ها»ی وزیر بود؛ ناگفته هایی که بعدها به زبان آمد و نشان داد گوینده در گفته های آن روز خود صادق نبوده است: همان خاتمی که جلسه معارفه غرب زدگی را عامل «مسخ کنندگی» دانست، سال ها بعد صریحا تنها راه رسیدن به «سعادت» را پذیرش روش و منش غربی خواند. (3) کم نبودند کسانی که از این اعتقاد راسخ اما پنهان خاتمی باخبر بودند. بنابراین، قرار گرفتن این روشنفکران و مومنین به لیبرال دموکراسی غربی در پست¬های مدیریتی وزارت ارشاد کاملا قابل درک است: «بهزاد نبوی»، «ابراهیم اصغرزاده»، «عیسی سحرخیر»، «محمد علی ابطحی»، «سید مصطفی تاج¬زاده»، «محسن امین زاده»، «هادی خانیکی»، «محسن آرمین»، «احمدستاری»، «علی اصغر فرامرزیان»، «مرتضی حاجی»، «رجبعلی مزروعی»، «محمد ملا زم»، «فیض الله عرب سرخی»، «سعید پورعزیزی» و «احمد بورقانی». این بود که علی رغم ادعاهای خاتمی مبنی بر وظایف متعالی ارشاد، این وزارتخانه در عمل راه دیگری پیمود.
خاتمی نزدیک به 10 سال وزیر ارشاد بود. بدین صورت که میر حسین موسوی در کابینه دوم خود نیز نام او را برای تصدی وزارت ارشاد به مجلس معرفی کرد و وقتی کار دولت موسوی پایان یافت، هاشمی رفسنجانی در راس دولت قرار گرفت و این بار در مقام رئیس جمهور، یار دیرینه خود را در مقام وزارت ابقا کرد.
می توان حضور خاتمی در این وزارتخانه را به دوره قبل و بعد از رحلت امام(ره) تقسیم کرد. پیش از رحلت امام(ره)، مواضع خاتمی در اکثر موارد مبتنی بر همان خط مشیی است که او و جریان موسوم به چپ از ابتدای انقلاب در پیش گرفته بودند و آن، حمایت تمام قد از سیاست های رسمی و اعلانی نظام بود که غالبا از زبان امام(ره) بیان می شد. عملکرد تیم منصوب از سوی خاتمی در وزارت ارشاد نیز در دوران حضور امام(ره) بیشتر جنبه اجرایی داشت و بر مبنای ایدئولوژی انقلابی بود: ایجاد 30 پایگاه فرهنگی در 17 کشور جهان، تدوین طرح «ضوابط و نظارت بر امر کتاب و نشریات»، راه اندازی هیئت منصفه مطبوعات، دادگاه ویژه مطبوعات، برگزاری جشنواره فیلم فجر، برگزاری نمایشگاه کتاب و... از جمله این اقدامات است.
اما دوره دوم حضور خاتمی در ارشاد دوره دگرگونی های شگفت انگیز در باورها و شعارهای جریان چپ است. تحولاتی که به سرعت سمت و سوی سیاست گذاری ها و اقدامات وزارت ارشاد خاتمی را نیز دگرگون ساخت.
پیشتر درباره اختلافات چپ و راست سخن گفتیم. این اختلافات در سال های منتهی به رحلت امام(ره)، به انحلال حزب جمهوری اسلامی و سازمان مجاهدین انقلاب ختم شد. جریان راست به دلیل محکوم شدن به «اسلام آمریکایی» از سوی چپ ها در قوای سه گانه منزوی شد؛ بخش قابل توجهی از نمایندگان سومین دوره مجلس شورای اسلامی، وزیران کابینه دوم موسوی و مسئولین قوه قضائیه از طیف چپ به قدرت رسیدند، به گونه ای که برخی از اعضای شورای نگهبان و وزیران کابینه میرحسین موسوی به دلیل قرار گرفتن در اقلیت و تحت فشا ر جریان موسوم به چپ از سمتشان استعفا دادند. کیهان نیز در این میان به تریبون  و مدافع اصلی دولت موسوی و سیاست های آن تبدیل شده بود و حتی برای معرفی مجدد موسوی به عنوان نخست وزیر در دوره دوم ریاست جمهوری آیت الله خامنه¬ای نقش ویژه ای ایفا کرد.
زمستان سال 1366 بود که سید محمد خاتمی به همراه موسوی خوئینی ها برای تشکیل جلسه ای مهم نزد مهدی کروبی رفتند و آنچه از دل این جمع سه نفره بیرون آمد، پیشنهاد انشعاب و تاسیس یک تشکیلات مستقل از جامعه روحانیت مبارز بود. چنین حرکتی می توانست نارضایتی رهبر انقلاب را در پی داشته باشد و به همین دلیل ماموریتی در این باره به عهده خوئینی ها گذاشته شد. او در اسفندماه سال 66 خدمت امام(ره) رفت و با بیان اختلافاتی که در داخل جامعه روحانیت مبارز بر سر فقه و اقتصاد و... وجود داشت، از ایشان برای انشعاب نظرخواهی کرد. امام(ره) نیز در پاسخ به خوئینی ها انشعاب تشکیلاتی برای اظهار عقیده مستقل را مصداق اختلاف ندانسته و اجازه این کار را دادند. حضرت امام(ره) اما در عین حال تاکید کردند که «اختلاف اگر زیربنایی و اصولی شد، موجب سستی نظام می¬شود و این مسئله روشن است که بین افراد و جناح های موجود وابسته به انقلاب اگر اختلاف هم باشد، صرفا سیاسی است ولو اینکه شکل عقیدتی به آن داده شود، چرا که همه در اصول با هم مشترکند و به همین خاطر است که من آنان را تایید می نمایم».(4)  این¬گونه بود که «مجمع روحانیون مبارز» شکل گرفت.
تلاش های طیف چپ برای صعود در هرم قدرت و سرکوب و از صحنه به در کردن مخالفان یک جنبه بسیار مهم دیگر نیز داشت. در دهه 60 به ویژه اوایل آن که آیت الله «حسینعلی منتظری» به عنوان قائم مقام رهبری و طبعا رهبر آینده انتخاب شده بود، طیف چپ جامعه روحانیت گرد وی جمع آمده بودند و برای موقعیت و جایگاه خود در ساختار قدرت پس از رحلت امام(ره) برنامه ها داشتند. رابطه این طیف با آیت الله منتظری نیز به قدری تنگاتنگ بود و آنان به اندازه ای بر آیت الله نفوذ داشتند که حتی شخص خوئینی ها به واسطه ایشان وارد عرصه مدیریتی کشور شد. (5) اسنادی وجود دارد که نشان می دهد طیف چپ حتی به شدت نگران آینده سیاسی آقای منتظری بوده است. به عنوان نمونه، هاشمی رفسنجانی در خاطرات سال 63 خود می نویسد:
«11 آبانماه- در منزل بودم. آقای خامنه ای نماز جمعه را اقامه کردند. عصر آقایان سید محمد خاتمی، محمد عبایی خراسانی، اسدالله بیات، جعفری لنگرودی، هادی خامنه ای، مهدی کروبی، محمدعلی هادی نجف آبادی آمدند. نگران پیشرفت خط محافظه کار به تعبیر آنها از طریق جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، و حزب جمهوری اسلامی، و جامعه روحانیت مبارز تهران، و انزوای آقای منتظری بودند و در این باره چاره جویی می کردند. گفتم باید حزب جمهوری اسلامی و جامعه روحانیت مبارز تهران تعدیل شود و تاکید کردم که رابطه خود را با آقای خامنه ای رئیس جمهور بیشتر کنند و آنها را از برخوردهای حذفی تحذیر نمودم و استفاده تعبیراتی مثل راست و محافظه کار مرتجع را نادرست خواندم».(6)
تاریخ اما نشان داد که بخش قابل توجهی از طیف چپ و بعدها «مجمع روحانیون مبارز» به توصیه های هاشمی رفسنجانی برای ارتقای روابط خود با آیت الله خامنه ای وقعی ننهادند؛ چه بسا عصر یازدهم آبانماه 63 هدف آن جمع از رفتن به دفتر هاشمی، «یارگیری» بوده است تا «چاره جویی». به هرصورت، نگرانی های طیف چپ درباره انزوای  «حسینعلی منتظری» به تحقق پیوست و او در تاریخ6/1/1368 از قائم مقامی رهبری عزل شد، اما نه به واسطه حزب جمهوری اسلامی یا جامعه مدرسین یا اصولگرایان حاضر در جامعه روحانیت، بلکه به فرمان حضرت امام(ره).(7)
14 خرداد 1368 حضرت امام خمینی(ره) بنیان¬گذار جمهوری اسلامی دار فانی را وداع گفتند. با توجه به ساز و کاری که تعریف شده بود، مجلس خبرگان رهبری تشکیل جلسه داد و خبرگان ملت، آیت الله «سید علی خامنه ای» را به عنوان ولی فقیه زمان تشخیص داد. اما طیف تندرو مجمع روحانیون مبارز در اقدامی ناباورانه، دست از مخالفت های دیروز خود نکشید و در پنهان و آشکار سعی کرد اختلافات دیروز خود با جامعه روحانیت مبارز را به سطح رهبری امروز ارتقا دهد.
همان¬گونه که از خاطره 11 آبانماه هاشمی نیز پیداست، اگرچه شاید ولی فقیه و رهبر انقلاب اسلامی پس از امام خمینی (ره)، یعنی آیت الله خامنه ای، در جامعه روحانیت مبارز حضور داشتند، اما از همان زمان موضع ایشان نسبت به تمامی جریان ها و طیف های گوناگون درون آنها پدرانه،  و در مسئولیت¬های گوناگون، مسائل گروهی و جریانی از دایره نگاه ایشان خارج بود ، تا حدی که هاشمی رفسنجانی از میهمانان شاکی عصر یازدهم آبان خواست خود را به آیت الله خامنه ای نزدیک تر کنند. این منش آیت الله خامنه ای در کسوت رهبری انقلاب نیز واضح تر از گذشته قابل مشاهده است. اما به هر صورت، پس از 14 خرداد 1368 اعضای ارشد مجمع روحانیون مبارز تصمیم گرفتند وضع جدید را به چالش کشیده و در صدد تغییر آن برآیند . موسوی خوئینی ها دادستانی کل کشور را وانهاد و کروبی از نمایندگی ولی فقیه در بنیاد شهید استعفا داد؛ خاتمی نیز از  نمایندگی ولی فقیه در موسسه کیهان استعفا نمود. با این وجود، نه خاتمی و نه خوئینی ها، هاشمی رفسنجانی را رها نکردند؛ خاتمی در وزارت ارشاد با قوت به کار خود ادامه داد و خوئینی ها با حکم هاشمی، رئیس مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست جمهوری شد.